Con Resolución Presidencial Regional Nº 170-98-CTAR-AMAZONAS/PE, de fecha 1º de julio de 1998, se crea la Dirección Sub Regional de Salud Bagua y a la vez como Unidad Ejecutora 401 Salud Bagua, con sede en la ciudad de Bagua, Departamento de Amazonas, con autonomía administrativa y presupuestal del entonces Consejo Transitorio de Administración Regional Amazonas-CTAR, inmersa en la Ley Nº 26922 Ley Marco de la Descentralización.
Con Resolución Ministerial Nº 573-2003-SA/DM, de fecha 23 de mayo del 2003, adecua su denominación a la de Dirección de Salud Bagua (DISA), reformula sus documentos de gestión: ROF y CAP, estableciendo su nueva estructura orgánica, con visto bueno de la Oficina de Planeamiento Estratégico del Ministerio de Salud, por ser órgano desconcentrado que depende normativa y técnica del Ministerio de Salud y administrativa y presupuestal del Gobierno Regional Amazonas, documentos de gestión que fueron aprobados con Ordenanza Regional Nº 072-2004-Gobierno Regional Amazonas/CR, de fecha 15 de diciembre del 2004.
Mediante Resolución Ministerial Nº 405 -2005-SA/MINSA, de fecha 02 de junio del 2005; resuelve reconocer que las Direcciones Regionales de Salud constituyen la única autoridad de salud en cada Gobierno Regional; bajo este marco legal, el pliego del Gobierno Regional Amazonas con Resolución Presidencial Regional Nº 280-2005-Gobierno Regional Amazonas/PR, de fecha Red de Salud Bagua, por consiguiente reformulan su Estructura Orgánica y su ROF, aprobada con Ordenanza Regional Nº185-Gobierno Regional Amazonas/CR, de fecha 22 de agosto del 2007, la misma que se encuentra vigente a la fecha. 23 de agosto del 2005, resuelve que a partir del 1º de septiembre del 2005, adecuar la DISA Bagua a una Dirección de Red de Salud.